甲鱼是对环境相当敏感的动物，不同的养殖方式会导致甲鱼的品质出现巨大的差异。而这种情况甚至会影响到甲鱼苗的品质。
甲鱼养殖的方式不同，种鳖的品质便不一样，种鳖的好坏对甲鱼有着直接的影响。现在常见的两种甲鱼养殖方式温室甲鱼养殖和生态甲鱼养殖，温室甲鱼养殖周期短，生长速度快，甲鱼的成熟时间短，但是甲鱼的品质却不好。由于长期生长在温室环境下，甲鱼对自然环境的适应性多有退化，这样的甲鱼作为种鳖，虽然也能繁育出较多甲鱼苗，但是甲鱼苗的品质并不好。特别是将这样的甲鱼苗放到外塘的环境下养殖，温室甲鱼苗的存活率非常低。
而生态养殖的甲鱼苗则不同，生态甲鱼在养殖过程中没有认为调控温度的情况，因而生态甲鱼的生长速度很慢，但是成品甲鱼的品质却是温室甲鱼不能比的，生态甲鱼在能繁育时便已多为三年生，而选择作为种鳖的生态甲鱼往往都是五年甚至七年生的甲鱼。